Theo "Đại Nam thực lục chính biên" thì Đào Trí Phú quê ở tỉnh Đồng Nai (tại làng Phước Kiển, thuộc Long Thành, dinh Trấn Biên - nay thuộc xã Hiệp Phước, huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai). Ông làm quan Thương bạc, chuyên lo việc ngoại giao với các nước. Năm 1832, Tổng thống Hoa Kỳ là Andren Jackson cử Edmund Robert làm trưởng đoàn phái Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ đem quốc thư đến Vũng Lắm, vịnh Xuân Đài (nay thuộc tỉnh Phú Yên) tìm cách trình quốc thư lên triều đình Huế và đề nghị thiết lập bang giao giữa Việt Nam và Hoa Kỳ, nhưng vua Minh Mệnh từ chối. Trước đó, dưới thời Gia Long - vào năm 1819, có một du khách người Hoa Kỳ đầu tiên là Jonhn White đặt chân lên đất Đồng Nai từ thuyền buôn của Úc cập cảng Vũng Tàu để đến Gia Định. Khi ấy, Tổng trấn Gia Định thành là Nguyễn Vãn Nhâm đón tiếp. Tuy nhiên, cuộc đón tiếp này chỉ mang tính chất một cuộc giao lưu văn hóa cá nhân với người ngoại quốc.
Vua Tự Đức nghi ngờ Đào Trí Phú tạo phản và sai người bắt giết. Ảnh: Báo Bình Phước.
Sau đó, vào ngày 20/4/1836, phái đoàn do Robert trở lại, cùng đi còn có thuyền trưởng, sĩ quan hải quân là E.P. Kennedy, bác sĩ Ruschen Berger đến xin thương thuyết để ký Hiệp thương. Vua Minh Mệnh hỏi ý Đào Trí Phú và được ông trả lời là nên nghênh tiếp, đưa họ về Kinh, để ở Thương bạc mà dò xét. Sau đó, nhà vua liền cử Đào Trí Phú cùng Thị lang bộ Lại Lê Bá Tư dẫn đầu phái đoàn của triều đình đến Vũng Trà Sơn (thuộc vịnh Đà Nẵng) gặp phái đoàn Hoa Kỳ. Nhưng đoàn đến nơi thì Robert cáo bệnh không tiếp. Ngày 21/5/1836 họ ra đi, tới Ma Cao thì Robert chết vào ngày 12/6/1836.
Đến đời vua Thiệu Trị, năm 1847, vua ra sắc lệnh cấm đạo Gia Tô. Pháp sai trung tá Rigault de Genouilly dùng thư can gián, mặt khác uy hiếp bằng vũ lực. Vua phái Đô thống Mai Công Ngôn và Tham tri ngành võ bị quân sự Đào Trí Phú đem theo ba vệ binh Vũ Lâm, Hổ Uy, Hùng Nhuệ vào Cửa Hàn tăng cường cho lực lượng hải quân. Ngày hôm sau, chiến thuyền của Pháp rút.
Giữa năm 1856, dưới triều vua Tự Đức, Pháp đã thực hiện mưu đồ đánh chiếm Việt Nam, tàu chiến Pháp diễu võ dương oai ở vùng biển Đà Nẵng. Vua cử Đào Trí Phú và Nguyễn Duy vào Quảng Nam nghiên cứu cách bố trí phòng chống quân Pháp. Hai ông đã chỉ huy quân lính và nhân dân đắp đồn lũy phòng ngự.
Ngày 1/9/1858, liên quân Pháp - Tây Ban Nha đưa tàu chiến đến bắn phá đồn Trà Sơn. Đào Trí Phú tăng cường phòng thủ cho hai thành An Hải và Điện Hải. Vua Tự Đức phong Đào Trí Phú là đặc phái viên và Trần Hoàng khi đó đang là Tổng đốc Nam Ngãi cùng chống giữ thành. Khi hai ông tới nơi thì hai thành đã mất, triều đình cử Nguyễn Tri Phương, Nguyễn Thế Hiển sau lại sai Nguyễn Duy vào lập phòng tuyến chống Pháp. Đào Trí Phú cùng Nguyễn Duy lập đồn Trấn Đông trên núi Sơn Trà.
Về sau, vì Trần Hoàng có lỗi nên bị cách chức và Đào Trí Phú được cử làm Tổng đốc Nam Ngãi. Tháng 11/1858, tàu chiến của quân Pháp theo sông Hàn, sông Nại Hiên tấn công sâu vào đất liền, bị Đào Trí Phú và Nguyễn Duy đón đánh. Súng thần công của ta nổ rầm trời, bắn gãy nhiều cột buồm và nhiều thuyền giặc, chúng phải tháo chạy. Sau trận thất bại này, quân Pháp chỉ để lại đại tá Toay ở lại giữ Sơn Trà, còn đem quân lính và tàu thuyền vào tấn công tỉnh thành Gia Định. Trong hai ngày 6 và 7/2/1859, Nguyễn Tri Phương sai Nguyễn Duy, Đào Trí Phú tấn công nhiều lần vào bán đảo Sơn Trà, nhưng không thành.
Năm 1864, Hồng Bảo là anh vua Tự Đức tổ chức cuộc chính biến không thành và ông bị nghi ngờ là người có liên quan. Vì thế, ông đã xuống thuyền định vào Nam ẩn cư nhưng triều đình đã cho quân đuổi theo, bắt giết ông tại Diên Khánh, rồi hỏa thiêu xác.
THEO DANVIET