Xuất thân trong một gia đình vọng tộc, ông từng giữ chức Đặc tiền Phụ quốc thượng tướng quân thị vệ sự đời Lê. Ông có người em gái là vợ Nguyễn Kim - Thượng phụ Thái sư triều Lê Trang tông và là bác ruột Nguyễn Hoàng, con trai Nguyễn Kim. Ông từng làm quan nhà Lê đến chức Thái phó Uy Quốc Công khi còn tại triều (Thanh Hóa).
Năm 1527, Mạc Đăng Dung cướp ngôi nhà Lê, Nguyễn Ư Dĩ cùng hai cha con Nguyễn Kim, Nguyễn Hoàng phò vua Lê lánh nạn ở Lào.
Năm Quý tỵ 1533, ông cùng Nguyễn Kim phò Lê Ninh (tức Lê Trang Tông) - con vua Chiêu Tông lên ngôi. Từ đó, hào kiệt khắp nơi theo về ngày càng đông. Thời kỳ lưu vong tại Lào, ông có công dạy dỗ Nguyễn Hoàng khi còn thơ ấu và sắp đặt mọi việc tương lai cho chúa Tiên sau này.
Năm Quý Mão (1543) từ Thanh Hóa, vua Lê Trang Tông tiến quân ra Bắc, ông cùng Nguyễn Kim mang quân đánh quân nhà Mạc. Đến năm 1545, Nguyễn Kim kéo quân ra lấy Đông Đô, về Sơn Nam đánh thắng quân Mạc nhưng trúng kế trá hàng của tướng Mạc là Dương Chấp Nhất, kết quả Nguyễn Kim bị đầu độc chết năm đó. Từ đây, Nguyễn Ư Dĩ một lòng phò tá Nguyễn Hoàng.
Thời kỳ này có Trịnh Kiểm là võ tướng tài năng, mưu lược được Nguyễn Kim tin dùng, gả con gái Nguyễn Thị Ngọc Bảo cho Kiểm làm vợ. Khi Nguyễn Kim chết, mọi quyền hành lọt vào tay Trịnh Kiểm, được vua Lê gia phong là Lượng Quốc Công, làm Thái sư. Từ đó, Trịnh Kiểm mặc sức hoành hành, tìm mọi cách trừ khử những người có tài, kể cả anh em ruột thịt để thâu tóm uy quyền.
Sau khi Nguyễn Uông, anh ruột Nguyễn Hoàng bị Trịnh Kiểm hãm hại, Nguyễn Ư Dĩ bàn với Nguyễn Hoàng giả mắc bệnh để Trịnh Kiểm không nghi ngờ. Mưu sĩ khuyên Kiểm trừ nốt Nguyễn Hoàng để phòng hậu hoạ. Biết tin này, Nguyễn Ư Dĩ bí mật bàn bạc với Nguyễn Hoàng: "Kiểm đã hại anh cháu, nay có ý định hại cháu để trừ hậu hoạ, vậy nên phải tìm cách tránh thật xa. Đất Thuận Hoá vốn xa xôi hiểm trở, có thể giữ yên được thân mình, cháu nên nhờ chị cháu nói khéo với Kiểm vào đó mà chờ thời và mưu đồ việc lớn sau này”.
Nghe cậu, Nguyễn Hoàng bí mật tìm về làng Trung Am, huyện Vĩnh Lại (Hải Dương) thỉnh giáo cụ Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm đang trí sĩ tại quê nhà. Cụ nghe chuyện đã cảm tấm lòng thành và thương hoàn cảnh của Nguyễn Hoàng nhưng chẳng bàn luận gì mà giơ tay chỉ hòn non bộ có đàn kiến bò xung quanh, nói bâng quơ như một đạo sĩ ngâm vịnh: "Hoành sơn nhất đái, vạn đại dung thân". Nghĩa là: Một dãy núi nằm ngang, có thể dung thân được muôn đời.
Nguyễn Hoàng về thuật lại, Nguyễn Ư Dĩ thúc giục cháu tiến hành ngay kẻo lỡ. Nhân ngày đầu năm vào thăm chị, khi không có Trịnh Kiểm, Nguyễn Hoàng nhờ chị nói đỡ cho mình được vào Nam... để bảo tồn nòi giống về sau. Ngọc Bảo khóc và hứa với em sẽ thuyết phục chồng cho em được vào trấn thủ xứ Thuận Quảng.
Trịnh Kiểm vốn rất đa nghi nhưng nể lời vợ, lại cho rằng đây cũng là một cách đày Nguyễn Hoàng đi xa tránh hoạ về sau cho nên chuẩn y ngay.
Vào đầu năm Mậu ngọ (1558), Nguyễn Ư Dĩ cùng Tống Phước Trị, Mạc Cảnh Huống theo Nguyễn Hoàng vào Thuận Hoá. Khi tới Ái Tử, huyện Đăng Xương (nay là huyện Triệu Phong, Thanh Hóa) thì dừng lại chọn nơi này làm lỵ sở. Ông chiêu dân lập ấp, mở mang lãnh thổ, thu phục lòng người, ra thông cáo chiêu hiền đãi sĩ, giảm sưu thuế cho dân. Chẳng bao lâu, Ái Tử trở thành một nơi đô hội, dân sống ấm no hạnh phúc, xưng tụng ông là chúa Tiên. Nhờ vậy, Nguyễn Hoàng tiến dần vào phương Nam, hình thành một vùng riêng biệt có thể đối đầu với họ Trịnh ở Đàng Ngoài.
Năm Canh Ngọ 1570, Trịnh Tùng - con Trịnh Kiểm kéo quân đánh úp nhằm tiêu diệt lực lượng non trẻ của Nguyễn Hoàng nhưng Nguyễn Ư Dĩ phụ tá trù liệu trước, nên quân Trịnh thất bại. Kể từ đó hai họ Trịnh - Nguyễn thâm thù, tuy danh nghĩa vẫn phù vua Lê và là bà con cô cậu.
Năm Quý Tỵ 1593, Nguyễn Ư Dĩ theo Nguyễn Hoàng ra Đàng Ngoài đánh dẹp các dư đảng nhà Mạc ở Hải Dương. Ông là phụ tá bên cạnh Nguyễn Hoàng lập nhiều chiến công.
Ông suốt đời lao tâm khổ tứ, trù liệu phù tá Nguyễn Hoàng dựng nghiệp lớn có tính đại cục, và cũng là người khai sáng cho chúa Nguyễn Đàng Trong.
Cũng do ông tận tâm nên Nguyễn Hoàng lập nhiều công to, được vua Lê phong tước Hạ Khê hầu, Nguyễn Hoàng được tiến phong Đoan Quận Công.
Sách Đại Nam thực lục tiền biên viết: "Đoan quận công vũ trị vài mươi năm, chính trị khoan hòa, thường ra ân huệ, dùng pháp luật công bằng, răn giới bản bộ, cầm trấp kẻ hung dữ, dân hai trấn cảm ân mến đức, chợ không hai giá, dân không ăn trộm, cửa ngoài không phải đóng... mọi người đều cố làm việc, vì vậy không ai dám dòm ngó, dân trong xứ được an cư lạc nghiệp”.
Nguyễn Ư Dĩ mất năm Nhâm Dần 1602, năm sinh của ông chưa xác định.
THEO DANVIET